Στα τραγικά χρόνια της Γερμανικής Κατοχής, 1941-1944, με την πείνα και τις φοβερές ανάγκες, ο κ.Πυρουνάκης καταπιάνεται, με όσες δυνάμεις είχε και όσες περιμάζεψε, με το πρόβλημα της σωματικής και ηθικής επιβίωσης των παιδιών και των νέων της χώρας μας.
Την ίδια εποχή, που το Κράτος και Οργανισμοί, όπως το ΠΙΚΠΑ, παρ’ όλα τα μέσα που διέθεταν, δεν τόλμησαν να λειτουργήσουν Κατασκηνώσεις, εκείνος διοργανώνει τρεις Κατασκηνώσεις, στην Εκάλη, στην Πεντέλη και στο Πέραμα, και δύο αναρρωτήρια.
Παρά τις τεράστιες δυσκολίες επισιτισμού και μεταφορών και τους κινδύνους από την παρουσία των Γερμανών, οι Κατασκηνώσεις με υπερένταση προσπαθειών θα καταφέρουν να ετοιμάσουν το πρόγραμμά τους και να γίνουν πραγματικές οάσεις μέσα στο ματωμένο και ταραγμένο κόσμο της Κατοχής. Ο Διεθνής Ερυθρός Σταυρός και ο πνευματικός κόσμος της χώρας εξήραν τη σημαντική προσφορά των Κατασκηνώσεων οι οποίες βασίστηκαν και στη λειτουργία της Σχολής στελεχών που εκπαίδευσε τους 280 νέους που με ενθουσιασμό και αγωνιστικότητα τις πλαισίωσαν.
Με τη λήξη της Κατοχής, μετά από συνδυασμένη επίθεση, Κρατικές Υπηρεσίες και Οργανισμοί επειδή εθίγησαν τα συμφέροντα και η υστεροφημία τους, θα επιτύχουν να σταματήσουν μία προσπάθεια που συνέβαλε στη διάσωση 6.000 παιδιών.